Bahrain là một quần đảo nhìn chung là bằng phẳng và khô hạn tại vịnh Ba Tư. Đảo quốc gồm một đồng bằng hoang mạc thấp cao dần lên một dốc đứng thấp tại trung tâm có điểm cao nhất là Jabal ad Dukhan 134 m.[175][176] Bahrain có tổng diện tích tự nhiên là 665 km² song nhờ cải tạo đất nên diện tích tăng lên đến 765 km².[176]

Bahrain thường được miêu tả là một quần đảo gồm 33 đảo,[177] song các dự án cải tạo đất quy mô lớn đã làm thay đổi tình trạng đó; cho đến tháng 8 năm 2008 số đảo và nhóm đảo tăng lên đến 84.[178] Bahrain không có biên giới trên bộ với quốc gia khác, và có 161 km đường bờ biển. Đảo quốc còn yêu sách thêm 12 hải lý lãnh hải và 24 hải lý vùng tiếp giáp lãnh hải. Đảo lớn nhất Bahrain là đảo Bahrain, tiếp đến là quần đảo Hawar, Muharraq, Umm an Nasan, và Sitra. Bahrain có mùa đông ôn hoà và mùa hè rất nóng và ẩm ướt. Tài nguyên tự nhiên của đảo quốc gồm lượng lớn dầu mỏ và khí đốt tự nhiên, cùng với cá tại vùng biển ngoài khơi. Đất canh tác chỉ chiếm 2,82% diện tích[149].

Khoảng 92% diện tích Bahrain là hoang mạc với các trận hạn hán và bão bụi theo định kỳ. đó là các mối nguy tự nhiên chủ yếu đối với người Bahrain.[150] Các vấn đề môi trường tại Bahrain bao gồm hoang mạc hoá do đất canh tác thoái hoá, thoái hoá bờ biển do tràn dầu và chất thải khác từ các tàu chở dầu cỡ lớn, lọc dầu, trạm phân phối, và cải tạo đất phi pháp. Khu vực nông nghiệp và hộ gia đình sử dụng quá mức tầng nước ngầm Dammam, khiến nó bị mặn đi do các vùng nước lợ và mặn liền kề. Một nghiên cứu thuỷ hoá cho thấy chất lượng nước của tầng nước ngầm thay đổi đáng kể do dòng chảy ngầm từ phần tây bắc của Bahrain, là nơi tầng nước ngầm nhận nước từ dòng nước ngầm từ miền đông Ả Rập Xê Út, đến phần phía nam và đông nam. Bốn loại mặn hoá dòng nước ngầm được xác định, cùng với đó là bốn lựa chọn để quản lý chất lượng nước ngầm.[179]

Khí hậu

Dãy núi Zagros ở bên kia vịnh Ba Tư thuộc Iran khiến gió cấp thấp hướng về Bahrain. Bão bụi từ Iraq và Ả Rập Xê Út thổi đến do gió tây bắc, có tên địa phương là gió shamal, làm giảm tầm nhìn trong các tháng 6 và 7.[180] Mùa hè tại Bahrain rất nóng. Vùng biển quanh Bahrain rất nông, do đó nhiệt tăng lên nhanh chóng vào mùa hè và gây ra độ ẩm cao, đặc biệt là vào ban đêm. Nhiệt độ mùa hè có thể lên đến 50 °C trong các điều kiện thích hợp.[181] Lượng mưa tại Bahrain ở mức tối thiểu và không đều, mưa chủ yếu xuất hiện vào mùa đông với mức kỷ lục là 71,8 mm.[182]

Đa dạng sinh học

Ghi nhận được trên 330 loài chim tại quần đảo Bahrain, 26 loài trong đó sinh sản tại Bahrain. Hàng triệu chim di cư bay qua khu vực vịnh Ba Tư trong các tháng mùa đông và mùa thu.[184] Một loài gặp nguy hiểm toàn cầu là Chlamydotis undulata định kỳ di cư trong mùa thu.[184] Nhiều đảo và vùng biển nông của Bahrain có tầm quan trọng toàn cầu đối với việc sinh sản của chim cốc Socotra; có đến 100.000 cặp chim này được ghi nhận tại quần đảo Hawar.[184]

Chỉ có 18 loài thú được tìm thấy tại Bahrain, các loài như linh dương, thỏ sa mạc và nhím gai phổ biến trong hoang dã song linh dương sừng thẳng Ả Rập trên đảo bị săn đến tuyệt chủng.[184] 25 loài lưỡng cư và bò sát, 21 loài bướm và 207 loài thực vật được ghi nhận tại Bahrain.[184] Quần thể sinh cảnh hải dương đa dạng và gồm lớp cỏ biển và bãi bùn rộng, các rạn san hô rải rác cũng như các đảo xa bờ. Lớp cỏ biển là nơi tìm kiếm thức ăn quan trọng đối với một số loài bị đe doạ như cá cúi và đồi mồi dứa.[185] Năm 2003, Bahrain cấm chỉ bắt bò biển, rùa biển và cá heo trong lãnh hải của mình.[184]

Khu Bảo tồn Quần đảo Hawar là nơi kiếm ăn và sinh sản có giá trị đối với nhiều loài chim biển di cư, nó là một địa điểm được công nhận quốc tế đối với chim di cư. Khu sinh sản của loài chim cốc Socotra tại quần đảo Hawar là khu sinh sản chim lớn nhất thế giới, và loài cá cúi kiếm ăn quanh quần đảo tạo thành tập hợp cá cúi lớn thứ nhì thế giới sau Úc.[185] Bahrain có năm khu bảo tồn được quy định, bốn trong số đó là môi trường hải dương.[184] Đó là: Quần đảo Hawar, đảo Mashtan, vịnh Arad, vịnh Tubli và công viên hoang dã Al Areen Wildlife.[184]